当前，由黑客、恶意软件、病毒甚至员工误用计算机资源所导致的各种威胁，让每位数据中心管理人员不得不将系统的安全性列为重点关注对象。WindowsServer2008R2自身已配备了强大的全新安全性功能，专门用于保护客户的数据中心和业务免受来自企业内外的安全性威胁。
以服务器角色功能为例，它是指用于具体任务的服务器仅能启用那些恰好足够满足这些任务需求的服务，同时，自动禁用所有非必需的服务。这就意味着，可供恶意软件和黑客攻击的目标已被尽可能缩小到最小的程度。
WindowsServer2008R2也已内置了一个名为BitLocker的新型数据加密功能，它可以对具体数据卷设置加密算法，从而封锁有价值的数据，使其免遭偷窥之眼的窥视。使用者也内置了一些全新的业务流程分析器，用于自动审核客户的服务器，以确保客户正在运行的各台服务器已安装最新版本的安全更新，而且已处于最佳运行状态。如果企业需要遵守某些监管机构的管理条例，例如SOX法案、HIPAA法案以及信用卡申办审核机构的管理条例，该功能就会提供相当有力的帮助。
对于仍在使用包括WindowsServer2003在内的旧版WindowsServer的公司，由于这些平台已经到了应该被淘汰的时限，这些公司将会在接受此类审核时暴露出更多问题。例如，WindowsServer2003早在去年的7月份就已经进入技术支持延长期。这就意味着，采用该平台的数据中心将无法继续自动接收安全更新。当然，迁移到某款主流服务器平台只是让客户的企业保持更安全的第一步而已。
WindowsServer2008曾引入了一种叫做“平衡”的电源策略，该策略可以监控当前服务器上所有处理器的使用率，并动态调整处理器的性能状态，从而将电能耗用量控制在刚好满足当前运算需求的程度。WindowsServer2008R2将通过添加内核停置功能并对面向电源管理的组策略设置实现扩展，来对该节电功能进行增强。
WindowsServer2008中的ActiveDirectoryDomainServices组策略已经为客户提供了对客户端PC电源管理的更多控制选项。这些功能将在WindowsServer2008R2和Windows7中得到进一步增强，以便对更多种类的部署环境实现更精准的控制力，进而获取更大程度的潜在节约